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投稿者: rteramot@i...
Date: 2002年12月5日(木) 午後0時55分
タイトル: =?iso-2022-jp?B?UmU6IFtiaW9pbmZvcm1hdGljcy1qcF0gGyRCMGRFQTtSJE5MPkEwGyhC?= =?iso-2022-jp?B??=
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住友製薬）寺本です。
> 発現解析を行っているのですが，結果がmRNAを登録するときに付けられた
> ID（？，なんて表現すると良いのでしょうか？）で出力されます．
> 例えば，U45285_at, M22976_at, Y10275_at, ...の様なリストになります．
> 論文などを検索しようとすると，それぞれTCIRG1, CYB5, PSPHと言った名前
> （この名前のことを何というのでしょうか）で表現されているケースが有
> るようです．
>
> 興味の対象となる遺伝子の数が少ないときにはもちろん一つ一つ手動で
> unigeneを調べているのですが，これをリストのまま一気に変換する
> ツールをどなたかご存じないでしょうか？
>
> ご存じの方がおられましたらご教示いただければと存じます．
>
atを含むIDはAffimetrixのGeneChipのProbeSetNameですが、
UnigeneID,Accenssion Number,ortholog,GOannotaionなどの
情報を一括で取得可能なツールとしてはTIGRのResourcer
http://pga.tigr.org/tigr-scripts/magic/r2.pl
があります。
取得の際は、DNAchipの型番などを知らないと指定できません。
他にも同様のDBが幾つか公開されており、各DBを相補的に利用
すれば有用かと思います。
是非ご活用ください。
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http://ap.infoseek.co.jp/ticker11.html
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